यहां माता जानकी के साथ श्री राम की पूजा होती है। कहा जाता है कि यह महल माता जानकी का घर है। पूरे अयोध्या में राम की राजा के रूप में पूजा होती है, लेकिन जानकी महल के लिए वे एक दामाद हैं। यहां उनकी उसी तरह से सेवा की जाती है। इसलिए माना जाता है कि यहां श्री राम का नाम लेने वाले सभी भक्तों पर श्री राम तो अपनी कृपा बरसाते ही हैं, साथ ही माता सीता का भी आशीर्वाद उन्हें प्राप्त होता है और इनकी भेंट अर्पण में भाग लेने से फल दुगना होकर प्राप्त होता है। जानकी महल मंदिर में पूजा पद्धति भी मिथिला और अवधि की मिश्रित पद्धति है। यहां भगवान को आठ बार भोग लगाकर आठ बार आरती की जाती है। नेपाल के जनकपुर में माँ सीता के जन्म से प्रेरित होकर, नेपाल के राजा ने इस मंदिर का निर्माण अयोध्या में करवाया था। यह मान्यता है कि रिश्तों में आ रहा तनाव दूर करने के साथ जीवन में प्रेम और सम्मान पाने के लिए इस मंदिर में माता सीता का आशीर्वाद लेना अत्यधिक शुभदायक रहता है।